Están Establecidas por los artículos 24 del Estatuto Orgánico y 4 del Reglamento del Consejo Universitario.

Estas son las funciones del Consejo Universitario de la Universidad Nacional:

1. Ejercer el gobierno universitario en todos los asuntos no reservados a la Asamblea Universitaria o a la Asamblea de Representantes, y en aquellos otros aspectos indicados expresamente en el Estatuto Orgánico;
2. Orientar y dirigir, las políticas de la institución, de conformidad con sus prioridades globales y el plan institucional de mediano plazo;
3. Aprobar las políticas de corto plazo de la institución en concordancia con las prioridades globales establecidas en el plan institucional de mediano plazo;
4. Aprobar el plan institucional anual, el presupuesto de la Universidad y sus modificaciones;
5. Aprobar el calendario universitario;
6. Emitir criterio sobre la creación y supresión de facultades, centros y sedes regionales, previo dictamen de la Vicerrectoría de Desarrollo, el Consejo Académico y demás órganos interesados;
7. Crear, modificar y suprimir secciones regionales, unidades académicas, unidades técnicas y administrativas, una vez conocido el dictamen de la Vicerrectoría de Desarrollo, el Consejo Académico cuando corresponda y de los órganos interesados;
8. Aprobar y reformar su propio reglamento y los reglamentos generales para el funcionamiento de la Universidad, dentro del marco del Estatuto Orgánico y la legislación vigente;
9. Autorizar la enajenación o imposición de gravámenes hasta por un diez por ciento del presupuesto de la Universidad, previo dictamen de la Contraloría Universitaria;
10. Aceptar las herencias, legados o donaciones que se hagan a la Universidad Nacional.  En el caso de las donaciones, su aceptación podrá ser delegada a otras instancias, según el reglamento respectivo;
11. Aprobar convenios con instituciones u organismos conforme al reglamento respectivo;
12. Nombrar y remover por mayoría de dos tercios de sus miembros a: los miembros del Tribunal Electoral Universitario; los miembros de las comisiones de Carrera Académica, Carrera Administrativa y Junta de Becas; los miembros del Consejo la Editorial Universitaria; los miembros del Consejo Central de Posgrado que le corresponda, según el reglamento correspondiente; el contralor y los subcontralores; el director de la Oficina de la Asesoría Jurídica; los miembros del Tribunal Universitario de Apelaciones. Así como a: Los representantes ante organismos e instituciones en donde la Universidad tenga representación permanente por ley, y en aquellas otras instancias que le defina este Estatuto.
13. Crear comisiones de carácter permanente o especial de naturaleza temporal de acuerdo con su reglamento interno;
14. Conferir el título de doctor honoris causa y otros títulos honoríficos, según la reglamentación respectiva;
15. Conferir la categoría de profesor emérito de conformidad con el reglamento respectivo;
16. Ejercer, en primera instancia, la jurisdicción disciplinaria sobre los funcionarios que haya nombrado, según los reglamentos respectivos;
17. Definir las políticas de evaluación universitaria;
18. Ejercer la función fiscalizadora en todo el ámbito universitario, directamente o por medio del rector;
19. Otorgar la representación judicial a los abogados de la institución, con carácter de apoderados generales y especiales;
20. Establecer las políticas de becas e incentivos para los funcionarios de la    institución;
21. Convocar a la Asamblea Universitaria, a la Asamblea de representantes y al Congreso Universitario;
22. Remover de sus cargos, por acuerdo de mayoría de dos tercios de sus miembros, a los vicerrectores de Desarrollo y Vida Estudiantil, a los directores de Área de la Vicerrectoría Académica;
23. Dictaminar, a solicitud de la Asamblea Legislativa, lo previsto en el artículo 88 de la Constitución Política;
24. Aprobar y modificar el Reglamento del Tribunal Universitario de Apelaciones;
25. Agotar la vía administrativa en materia de su competencia;
26. Regular el Sistema de Planificación;
27. Ratificar las funciones de los directores de Investigación, Docencia y Extensión a propuesta del rector y previo análisis del Consejo Académico;
28. Someter asuntos de su interés a la Asamblea de Representantes;
29. Otras funciones que dimanen de este Estatuto Orgánico y de la reglamentación vigente.

OTRAS ATRIBUCIONES DEL CONSEJO UNIVERSITARIO

Además de las atribuciones indicadas en el artículo 4), le corresponde al Consejo Universitario;

1. Tramitar las iniciativas de reforma al Estatuto Orgánico, de conformidad con los artículos 290 y siguientes de dicho cuerpo normativo.
2. Conocer y declarar, cuando proceda, la nulidad de los actos y resoluciones firmes en la vía administrativa (Art. 262 in fine), salvo los dictados por los órganos desconcentrados en materia de su competencia exclusiva, los que serán resueltos por dichos órganos.
3. Conocer y resolver los recursos de apelación contra las decisiones del Rector, del Consejo Académico, de las Asambleas de Centro o de Facultad y las de las Unidades Académicas, cuando aquellas sean adoptadas por los órganos referidos en primera instancia.
4. Conocer y resolver los recursos de reposición o reconsideración contra sus propias resoluciones, los que agotan la vía administrativa.
5. Conocer y resolver los recursos extraordinarios de revisión contra los actos administrativos firmes en la vía administrativa, con excepción de los recursos contra los actos de órganos desconcentrados en materia de su competencia exclusiva.
6. Aprobar la denominación de las unidades académicas. aprobar la denominación de edificios e instalaciones universitarias.